کمال الدین و تمام النعمة

صدوق این کتاب را در اواخر عمرش تالیف کرده است . در آن عصر از طرف فرقه اسماعیلیه که نفوذ بسیار داشتند و از سوی فرقه زیدیه و طرفداران جعفر کذاب و پیروان زیادی از اهل تسنن ایرادهایی به فرقه امامیه وارد می شد و آنان بدین وسیله اذهان مردم را مشوب می کردند. از این نظر شیخ صدوق - رضوان الله علیه - کتاب (کمال الدین) را تالیف کرد. او در اول این کتاب اشکالات مخالفین را نقل می کند و به آنها پاسخ می دهد و به خوبی از عقیده امامیه دفاع کرده به طور تفضیل درباره قائم آل محمد (عج ) بحث می کند.

با اینکه این کتاب حدود 90 سال پس از غیبت کبرای حضرت ولی عصر (عج ) نگاشته شده از مباحث آن معلوم می شود در آن زمان که هنوز مدت چندانی از این مساءله نگذشته بود، عده ای از اهل کفر و نفاق نسبت به ماجرای غیبت تردید کرده بر شیعیان خرده می گرفتند. همچنانچه خود شیخ صدوق نیز بارها به این نکته اشاره کرده است .

معانی الاخبار

یکی از آثار ارزشمند صدوق کتاب معانی الاخبار حاوی روایاتی است که موارد ابهام و مشکل احادیث و آیات قرآن را توضیح داده است .

عیون اخبار الرضا (ع)

این کتاب را برای صاحب بن عباد، وزیر دانشمند و دین پرور آل بویه نگاشته و به وی اهدا کرده است و در آن ، روایاتی که از امام هشتم علیه السلام نقل شده گرد آمده است .

خصال

این کتاب که در بردارنده نکات اخلاقی - علمی ، تاریخی و فقهی و پندهای درس آموز می باشد بر اساس سلسله اعداد ترتیب یافته که این تدوین و تنظیم نیز بر زیبایی و شیوایی و ارزش کار وی در این اثر افزوده است . او در هر باب روایاتی که مطابق همان عدد نکته یا مطلبی را در برابر آورده است .

امامی (مجالس ) 

مجموعه درسها و سخنرانیهای شیخ صدوق در این اثر گرد آمده است مطالب آن را شاگردان او تحریر کرده اند.

علل الشرایع

این کتاب ، همچنانکه از نامش پیداست حاوی علتها و فلسفه احکام می باشد، مؤ لف تمام احادیثی که به علل و فلسفه احکام اشاره شده ، در یک مجموعه به همین نام نگاشته است ، و شاید اولین کتاب در موضوع خود می باشد.

گوهر گمشده یا مدینة العلم

مهمترین کتاب شیخ صدوق که خود نیز از آن یاد کرده و تا زمان پدر شیخ بهایی مورد استفاده عالمان مورد استفاده عالمان دینی بوده کتاب (کتاب العلم ) است که مفقود گشته است و با کمال تاءسف به دست کار نرسیده است .

بنا به نوشته ابن شهر آشوب در کتاب معالم العلماء کتاب مدینة العلم ده جلدی و من لا یحضره الفقیه چهار جلدی است و از این نوشته معلوم می شود که مدینة العلوم بیش از دو برابر من لا یحضره الفقیه بوده است .

شیخ طوسی ، شیخ منتجب الدین و دیگران از این کتاب به عنوان یکی از مهمترین تاءلیفات صدوق یاد کرده اند و بسیاری از بزرگان دین از کتاب مدینة العلوم روایت کرده اند.

صاحب روضات الجنات می نویسد:

بعد از زمان علامه و شهدین ، دیگر هیچ اثری از کتاب مدینة العلم دین و شنیده نشده است ولی بنا به نوشته برخی دیگر ، معتقدند این کتاب تا عصر پدر شیخ بهایی نیز موجود بوده و ایشان نسخه ای از آن را داشته است.

شیخ حسین بن عبدالصمد حارثی (پدر شیخ بهاء الدین عاملی ) در کتاب درایه اش نوشته است : پایه ها و اصول معتبر حدیث ما پنج کتاب است : کافی ، مدینة العلم ، من لا یحضره الفقیه ، تهذیب و استبصار.

عالمه مجلسی و پس از وی سید محمد باقر جیلانی (سید شفتی ) تلاشها و اموال زیادی صرف یافتن این کتاب کردند ولی اثری از آن به دست نیاوردند.